Наявність фітосанітарного сертифікату не виключає права обох сторін проводити інспекцію карантинного контролю вантажу у відповідності з правилами карантинного контролю рослин, які прийняті в цих країнах.
Відповідні уповноважені органи сторін мають право повертати або знезаражувати підкарантинні вантажі, якщо при догляді виявлені карантинні або інші об'єкти в живому стані. Якщо вищеназване не можливе, сторони мають право знищувати вантаж у відповідності до правил карантину рослин цих країн.
Про подібне одна із сторін інформує компетентні органи іншої сторони в кожному конкретному випадку.