Сторони в межах компетенції здійснюватимуть співробітництво у таких напрямах:
- розвиток двосторонніх торговельних відносин між Україною та Естонською Республікою відбуватиметься в рамках договорів, укладених між Європейською Спільнотою, її Державами-членами та Україною;
- приведення діяльності українських організацій та підприємств у відповідність із вимогами Європейського Союзу (включаючи гармонізацію національного законодавства із законодавством Європейського Союзу та реалізацію останнього у галузі ветеринарної медицини та захисту рослин).