До функцій капітанів морських портів належать:
1) нагляд за дотриманням чинного законодавства і правил мореплавства, а також міжнародних договорів України щодо мореплавства;
2) реєстрація суден у Державному судновому реєстрі України, Судновій книзі України і видача суднових документів, якщо інше не передбачено чинним законодавством України;
3) видача документів, зазначених у статті 51 цього Кодексу;
4) перевірка суднових документів, а також дипломів і кваліфікаційних свідоцтв;
5) видача посвідчень моряка особам, які входять до складу суднового екіпажу;
6) нагляд за дотриманням вимог щодо порядку заходження суден у порт і виходу з порту;
7) нагляд за дотриманням вимог щодо запобігання забрудненню навколишнього природного середовища;
8) оформлення приходу суден у порт і виходу з порту;
9) керівництво лоцманською службою і службою регулювання руху суден, нагляд та контроль за ними;
10) організація і нагляд за криговим проведенням суден на підходах до порту в межах його акваторії;
11) видача дозволів на підняття майна, що затонуло в морі, а також на проведення в межах території та акваторії порту будівельних, гідротехнічних та інших робіт;
12) облік та розслідування аварійних морських подій.
Розслідування аварійних морських подій здійснюється в порядку, встановленому Міністерством транспорту України.