Капітан морського порту призначається на посаду і звільняється з посади центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сферах морського і річкового транспорту, за поданням центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері морського транспорту. Капітан морського порту підпорядковується керівнику центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері морського транспорту.