Якщо на судні, що перебуває у плаванні, вчиняються діяння, передбачені кримінальним законодавством України, капітан судна виконує функції органу дізнання, керуючись при цьому кримінально-процесуальним законодавством України та Інструкцією про проведення дізнання на морських суднах, що перебувають у плаванні, яка затверджується Генеральним прокурором України за погодженням з центральним органом виконавчої влади в галузі транспорту та центральним органом виконавчої влади в галузі рибного господарства.
Капітан судна має право затримати особу, яка підозрюється у вчиненні кримінально караного діяння, до передачі її відповідним правоохоронним органам у першому порту України. У разі необхідності капітан судна може направити цю особу і матеріали дізнання в Україну на іншому судні, зареєстрованому в Україні.
У разі вчинення діяння, передбаченого кримінальним законодавством України, під час перебування судна в порту України капітан судна зобов'язаний передати особу, яка підозрюється у вчиненні цього діяння, відповідним правоохоронним органам в порядку, встановленому кримінально-процесуальним законодавством України.