Держава здійснює регулювання торговельного мореплавства через Міністерство транспорту України та відповідні центральні органи державної виконавчої влади.
Відповідно до цього Кодексу, інших актів чинного законодавства та міжнародних договорів України Міністерство транспорту України в межах своєї компетенції затверджує правила, інструкції та інші нормативні документи з питань торговельного мореплавства, що є обов'язковими для всіх юридичних та фізичних осіб.
Правила перевезення вантажів, пасажирів і багажу розробляються за участю заінтересованих міністерств і відомств України і затверджуються Міністерством транспорту України.
Правила перевезення пошти затверджуються Міністерством транспорту України за погодженням з Міністерством зв'язку України.
Правила перевезення в прямому змішаному і прямому водному сполученні затверджуються Міністерством транспорту України.
Спеціальні правила експлуатації риболовних суден затверджуються Міністерством рибного господарства України.