Служба регулювання руху суден діє відповідно до Типового положення про службу регулювання руху суден, що затверджується центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері транспорту.
Якщо зона дії служби регулювання руху суден охоплює акваторії кількох портів або узбережні води і вузькості (регіональна служба регулювання руху суден), порядок створення і підпорядкованість служби регулювання руху суден визначаються портами, що беруть участь у створенні такої служби, за погодженням з центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері транспорту.