Проведення неповного родинного аналізу застосовують за умови, коли не відомі (не визначались) типи крові одного або обох батьків. Відповідно до цього можливі три типи неповного родинного аналізу:
відсутні дані про типи крові матері. У цьому випадку родинний аналіз зводиться до з'ясування розподілу алелів батька у потомків;
відсутні дані про типи крові батька. Завданням родинного аналізу є непряме визначення генотипу батька. Порівнюють типи крові потомків і матерів, виділяють ті фактори, які відсутні у матерів, і при достатній кількості пар мати-потомок установлюють тип крові батька;
відсутні результати тестування батька і матері. Вихідним моментом аналізу є зіставлення факторів крові тестованого поголів'я із списком алелів, установлених у результаті попередніх родинних аналізів стада.