Захворювання протікає у гострій, хронічній, субклінічній та латентній формах.
При гострій формі у свиней реєструють пригнічення, відмову від корму, короткочасне підвищення температури тіла до 40,5-41 град. С, масові аборти у свиноматок на останньому етапі супоросності (90-110 днів), передчасні або пізні опороси, народження мертвих, іноді муміфікованих плодів, масове народження нежиттєздатних поросят.
Тривалість опоросу у хворих свиноматок значно подовжується, при цьому знижується інтенсивність супоросної діяльності. Ці ознаки притаманні 85-100% хворих свиноматок. У частини новонароджених поросят відмічають недорозвиненість нижньої щелепи, куполоподібність голови, інші вади розвитку організму. У межах одного гнізда від хворих свиноматок можуть бути як мертві і муміфіковані плоди, так і живі, нормально розвинуті поросята, з яких все-таки більшість гине протягом першого тижня життя. У поросят, що народилися від хворих свиноматок, відзначають кон'юнктивіти, набряки та запалення повік. Також у поросят, що перебувають у не благополучних щодо РРСС господарствах, відзначають тяжкий перебіг респіраторних хвороб різної етіології.
Хронічна форма захворювання супроводжується втратою апетиту, також кон'юнктивітами, запаленням повік, що часто призводить до кератитів та втрати зору. Також при хронічній формі у тварин відзначають ураження органів дихання поліетіологічним комплексом збудників.
У кнурів хвороба перебігає з ознаками пригнічення, імпотенції, значним погіршенням якості сперми. Зазвичай, хвороба перебігає у вигляді епізоотій у різні пори року, особливо у період опоросів. Не в усіх тварин захворювання на РРСС може клінічно проявитися, але часто відмічають масові прохолости свиноматок, що перехворіли раніше.
Відмінною особливістю РРСС є те, що частіше за все хвороба не перебігає у вигляді моноінфекції, а в асоціації з іншими інфекціями (хвороба Ауєскі, парвовірусна та ентеровірусна інфекції, грип свиней, лептоспіроз, мікоплазмоз, хвороба Глессера, актинобацилярна плевропневмонія тощо).