Інкубаційний період за температури 7-15° C коливається від 1 до 2 тижнів.
Для ВГС характерні гостра, хронічна та нервова форми перебігу хвороби. Першими клінічними ознаками ВГС незалежно від форми є анорексія і пригнічення риб, потемніння шкірних покривів і переміщення риби до країв водойми або каналу, де течія води слабша. Риба повільно дрейфує за течією важко зберігаючи рівновагу, прибивається до решіток стоку.
Гостра форма перебігу хвороби характеризується раптовою масовою загибеллю риби. Клінічні ознаки під час гострої форми перебігу хвороби: екзофтальм, блідість зябер, точкові крововиливи в периокулярній сполучній тканині очей, зябрах, біля основи плавників, на поверхні тіла, а інколи на голові. Черевце збільшене (розтягнуте). Під час розтину в порожнині тіла виявляють накопичення прозорого (інколи кров'янистого) ексудату, множинні петехіальні крововиливи в м'язах, перивісцеральній жировій тканині, на черевці, стінках кишечника та плавального міхура, серці і поверхні паренхіматозних органів. Печінка та нирки гіперемовані, набряклі, нерівномірно забарвлені, рідше бліді. Шлунково-кишковий тракт вільний від кормів, інколи наповнений слизоподібним вмістом молочно-білого кольору.
Хронічна форма перебігу хвороби характеризується помірною і більш розтягнутою в часі загибеллю риб. Клінічні ознаки при хронічній формі перебігу хвороби: хвора риба має майже чорний колір тіла, сильно виражену витрішкуватість очей, колір зябер білувато-сірий, нерідко виявляють порушення координації рухів. Зазвичай, зовнішніх крововиливів немає. Під час розтину відмічають загальну анемію органів. Печінка бліда з точковими крововиливами, нирки, серце, стінки кишечника сіро-білого кольору. У черевній порожнині може міститися невелика кількість ексудату.
Нервова форма перебігу хвороби зустрічається рідко. Клінічні ознаки при нервовій формі перебігу хвороби характеризуються ураженням центральної нервової системи, що проявляється підвищеним тонусом скелетної мускулатури, спазматичним посмикуванням тіла. Реакція на зовнішні подразники (звукові сигнали, годівлю) неадекватна - хвора риба хаотично рухається на поверхні води, намагаючись вистрибнути, плаває по колу чи штопороподібно. Напади збудження чергуються зі станом пригнічення. Патологоанатомічні зміни не виражені.