Інкубаційний період триває 4-10 днів, рідше - до 20 днів. Установлено 4 форми прояву віспи птиць: віспяна (шкірна), дифтерійна, змішана та дуже рідко - атипова або прихована з ураженням внутрішніх органів.
Захворювання протікає в основному підгостро, інколи - хронічно, рідко - гостро.
При віспяній формі на шкірі гребінця, сережок та інших оголених частинах ніг та тіла птиці, навколо клоаки, дзьоба та носових отворів з'являються круглі, на початку блідо-жовті, а потім червоні плями, які поступово перетворюються у бородавчаті утворення (струпи, нарости), вкриті кров'янистим струпом. Хвора птиця в'яла, пригнічена, втрачає апетит, пір'я скуйовджене. Тривалість хвороби - близько 6 тижнів. Летальність дорослих курей може становити 10-20%, а молодняку досягає до 50-70%.
При дифтерійній формі хвороби уражаються слизові оболонки ротової та носової порожнин, підочні ямки. Дифтерійні плівки утворюються під язиком чи по його краях, на щоках, кутах ротової порожнини, уздовж піднебінної щілини, гортані та трахеї. Летальність - до 50-70%.
При змішаній формі віспи птиць відмічають ознаки і шкіряної, і дифтерійної форм.
При атиповій (прихованій) формі зміни на шкірі не виражені, у той самий час у внутрішніх органах вони значні. У печінці виявляють дрібні жовтуваті вузлики, легені набряклі, на епікарді та серозних оболонках видно крапчасті крововиливи, слизова оболонка кишечнику рихла, плямиста з крововиливами.
При хронічній формі перебігу віспи птиці спостерігають переродження печінки, нирок, серця, селезінка бубнявіє і набуває коричнево-сірого кольору. Трупи загиблої птиці виснажені, що також характерно для прихованої форми хвороби.