У неблагополучному за ензоотичним енцефаломієлітом свиней господарстві (фермі), а також у неблагополучних за цією хворобою дворах громадян проводять механічне очищення приміщень і станків з наступним їх дезінфікуванням через кожні 5 діб, до проведення остаточної дезінфекції перед зняттям карантинних обмежень. Дезінфекції підлягають також предмети догляду за тваринами, обладнання та транспортні засоби, які перебувають у вогнищі інфекції.
Для дезінфекції застосовують 2%-ний розчин формальдегіду, 3%-ний гарячий розчин їдкого натру, розчин гіпохлориту натрію або освітлений розчин хлорного вапна, що містять 3% активного хлору. Розчини застосовують із розрахунку 1 літр на 1 м(2) площі тваринницького приміщення при експозиції 3-4 години. Одночасно проводять дератизацію та дезінсекцію приміщень.
Для знезараження робочого, санітарного одягу і взуття працівників ферми (населеного пункту) обладнують параформалінову камеру.