Діагноз на ензоотичний енцефаломієліт свиней установлюється на підставі епізоотологічних, клінічних та патологоанатомічних даних з урахуванням результатів лабораторних досліджень (виявлення та ідентифікація вірусу в реакціях нейтралізації та імунофлуоресценції, дослідження сироватки крові хворих та перехворілих тварин з метою виявлення специфічних антитіл, при потребі проводиться біологічна проба з дозволу Державного департаменту ветеринарної медицини).
При встановленні діагнозу слід виключити хворобу Ауески, сказ, класичну чуму свиней, лістеріоз, а також отруєння, в тому числі кухонною сіллю і соланіном.