Міжвідомчу робочу групу очолює голова, який затверджує її персональний склад та вносить у разі потреби до нього зміни. Головою Міжвідомчої робочої групи є заступник Міністра внутрішніх справ.
Заступник голови та секретар Міжвідомчої робочої групи обираються на її засіданні.