Відбір проводиться конкурсними комісіями, які утворюються центральними органами виконавчої влади, відповідальними за реалізацію або фінансування інфраструктурних проектів у відповідних сферах (далі - відповідальні органи).
Прийняття рішення про остаточний відбір інфраструктурних проектів, які можуть фінансуватись та/або витрати яких можуть рефінансуватись за рахунок коштів державного бюджету, відібраних конкурсними комісіями, утвореними відповідальними органами (далі - конкурсні комісії), здійснюється Міжвідомчою комісією з відбору інфраструктурних проектів, які фінансуються та/або витрати яких рефінансуються за кошти державного бюджету (далі - Міжвідомча комісія). Склад Міжвідомчої комісії та положення про неї затверджуються Кабінетом Міністрів України.