Негативний висновок державної експертизи інфраструктурного проекту, який містить чітко сформульовані та обґрунтовані зауваження щодо істотного доопрацювання проекту, подається в одному з таких випадків:
інфраструктурний проект не відповідає вимогам законодавства;
інфраструктурний проект є неактуальним;
виявлено неузгодженість екологічних, економічних і соціальних інтересів;
техніко-економічні розрахунки є недостовірними;
реалізація інфраструктурного проекту може призвести до неефективного використання бюджетних коштів.
Після врахування зазначених зауважень заявник подає інфраструктурний проект повторно.