Орган технічного адміністрування держателя Реєстру та розпорядник Реєстру, органи адміністрування та ведення Реєстру СБУ та підрозділів розвідувальних органів організовують у межах своїх повноважень захист інформації в Реєстрі, а також здійснюють контроль за виконанням вимог законодавства у сфері захисту інформації.
Відповідальність за забезпечення захисту інформації в інформаційно-комунікаційній системі покладається на Міноборони.