Органами адміністрування Реєстру є:
1) орган технічного адміністрування держателя Реєстру;
2) орган функціонального адміністрування держателя Реєстру;
3) оперативні командування;
4) територіальні центри комплектування та соціальної підтримки Автономної Республіки Крим, областей, мм. Києва та Севастополя;
5) Центральне управління СБУ;
6) відповідні підрозділи розвідувальних органів.