Управління виконанням Плану здійснюється на таких рівнях та передбачає:
на рівні Координатора - регулярний розгляд із залученням міністрів і керівників відповідальних органів питання щодо стану та ризиків здійснення реформ та інвестицій в рамках виконання Плану з метою прийняття необхідних управлінських рішень;
на операційному рівні - взаємодію на постійній основі Координатора з підрозділами відповідальних органів, які забезпечують управління, моніторинг та контроль за виконанням Плану;
на рівні відповідального органу - взаємодію на постійній основі підрозділів, відповідальних за організацію виконання Плану, проведення моніторингу виконання Плану, підготовку звіту про виконання Плану за відповідний звітний період та підтвердної документації, забезпечення безпосереднього виконання Плану.