Завданнями секретаріату Агентства є:
організація роботи з неухильного додержання Агентством вимог законодавства;
аналітично-прогностичне, методичне та інформаційне забезпечення повноважень Агентства;
інформаційно-довідкове забезпечення діяльності Голови Агентства, його заступників і членів Агентства;
забезпечення підготовки і проведення засідань Агентства та його комітетів;
організація ведення діловодства та архіву відповідно до встановлених правил;
фінансово-господарське та матеріально-технічне забезпечення діяльності Агентства;
виконання інших завдань, передбачених положенням про секретаріат Агентства.