Керівник та працівники секретаріату Агентства працюють на постійній основі.
Умови оплати праці Голови Агентства, його заступників, членів Агентства, що працюють на постійній основі, керівника секретаріату Агентства, його заступника і працівників секретаріату Агентства визначаються законодавством.
Оплата праці Голови Агентства, його заступників, членів Агентства, що працюють на постійній основі, керівника секретаріату Агентства, його заступника і працівників секретаріату Агентства здійснюється на основі Єдиної тарифної сітки розрядів і коефіцієнтів з оплати праці працівників установ, закладів та організацій окремих галузей бюджетної сфери, затвердженої постановою Кабінету Міністрів України від 30 серпня 2002 р. № 1298 (Офіційний вісник України, 2002 р., № 36, ст. 1699; 2005 р., № 34, ст. 2064).
Оплата праці працівників секретаріату Агентства, фінансування яких відбувається за рахунок коштів спеціального фонду державного бюджету, здійснюється відповідно до умов грантових угод або інших двосторонніх чи багатосторонніх угод (зокрема у формі угоди, меморандуму, протоколу, додатка до протоколу), укладених з метою забезпечення реалізації проектів у рамках програм міжнародної співпраці Європейського Союзу з іншими країнами світу та/або еквівалентних програм в Україні, і вимог законодавства України.