У складі секретаріату Агентства утворюються структурні підрозділи відповідно до затверджених структури і штатного розпису.
Положення про структурні підрозділи секретаріату Агентства та посадові інструкції їх працівників затверджуються керівником секретаріату Агентства за погодженням із Головою Агентства.
У складі секретаріату Агентства утворюється структурний підрозділ з метою забезпечення реалізації проектів у рамках програм міжнародної співпраці Європейського Союзу з іншими країнами світу та/або еквівалентних програм в Україні для реалізації відповідних проектів, їх частин (на період їх дії), із працівниками якого Агентство укладає строкові трудові договори.