Секретаріат Агентства очолює його керівник.
Керівник секретаріату Агентства має одного заступника.
Керівник секретаріату Агентства та його заступник призначаються на посаду Головою Агентства за погодженням з Агентством.
Відбір кандидатури на посаду керівника секретаріату Агентства та його заступника здійснюється за результатами конкурсного відбору. Вимоги до кандидатів на посаду керівника секретаріату Агентства та його заступника, порядок проведення конкурсного відбору затверджуються рішенням Агентства. Керівник секретаріату Агентства та його заступник можуть бути звільнені з посади Головою Агентства за погодженням з Агентством у випадках, передбачених законодавством.
Керівник секретаріату Агентства та його заступник підзвітні та підконтрольні Агентству.