Фінансування робіт із розроблення, впровадження, адміністрування, технічного супроводження та функціонування системи єДозвіл, а також заходів із створення та забезпечення технічного захисту інформації здійснюється за рахунок бюджетних призначень головних розпорядників бюджетних коштів, установлених Законом про Державний бюджет України на відповідний рік, коштів міжнародної технічної та/або поворотної чи безповоротної фінансової допомоги міжнародних організацій, а також інших джерел, не заборонених законодавством.
Структура системи єДозвіл та її взаємодія з національними електронними інформаційними ресурсами, іншими інформаційно-комунікаційними системами