Укрфармагентство очолює Голова, який призначається на посаду Кабінетом Міністрів України за поданням Міністра охорони здоров’я.
Голова Укрфармагентства звільняється з посади Кабінетом Міністрів України за поданням Прем’єр-міністра України або Міністра охорони здоров’я.
Міністр охорони здоров’я вносить подання Кабінетові Міністрів України для призначення на посаду Голови Укрфармагентства одного з трьох кандидатів, відібраних за результатами конкурсного відбору.
Конкурсний відбір на посаду Голови Укрфармагентства проводиться відповідно до Порядку проведення конкурсного відбору на посаду Голови Українського фармацевтичного агентства, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 23 вересня 2026 р. № 1209 “Деякі питання функціонування Українського фармацевтичного агентства”.
Голова Укрфармагентства призначається на посаду строком на п’ять років. Одна і та сама особа не може обіймати посаду Голови Укрфармагентства більше двох строків.
Повноваження Голови Укрфармагентства припиняються з підстав, передбачених Законом України “Про державну службу”.