Укрфармагентство в межах своїх повноважень, на основі та на виконання Конституції та законів України, постанов Верховної Ради України, актів Президента України, прийнятих відповідно до Конституції та законів України, актів Кабінету Міністрів України видає накази організаційно-розпорядчого характеру, а також накази, які є адміністративними актами.
Накази Укрфармагентства, які є адміністративними актами, видаються, набирають чинності, виконуються, припиняють дію та оскаржуються у порядку, визначеному Законом України “Про адміністративну процедуру”, якщо інший порядок не визначено законами України.