Основними завданнями Укрфармагентства є:
1) реалізація державної політики у сферах створення, допуску на ринок, контролю якості, безпеки та ефективності лікарських засобів, медичних виробів, медичних виробів для діагностики in vitro, активних медичних виробів, які імплантують, біоімплантатів, косметичної продукції, донорства крові та компонентів крові, функціонування системи крові, а також обігу наркотичних засобів, психотропних речовин і прекурсорів, протидії їх незаконному обігу, внесення Міністрові охорони здоров’я пропозицій щодо формування державної політики у визначених сферах;
2) ліцензування господарської діяльності з виробництва лікарських засобів, оптової та роздрібної торгівлі лікарськими засобами, імпорту лікарських засобів (крім активних фармацевтичних інгредієнтів), обігу наркотичних засобів, психотропних речовин і прекурсорів, заготівлі і тестування донорської крові та компонентів крові незалежно від їх кінцевого призначення, із переробки, зберігання, розподілу та реалізації донорської крові та компонентів крові, призначених для трансфузії;
3) здійснення державного регулювання і контролю у сферах обігу наркотичних засобів, психотропних речовин і прекурсорів та протидії їх незаконному обігу.