Граничну чисельність державних службовців та працівників Укрфармагентства затверджує Кабінет Міністрів України.
Структуру апарату Укрфармагентства затверджує Голова Укрфармагентства за погодженням з Міністром охорони здоров’я.
Штатний розпис, кошторис апарату Укрфармагентства затверджує Голова Укрфармагентства за погодженням з Мінфіном.
Укрфармагентство є юридичною особою публічного права, має печатку із зображенням Державного Герба України та своїм найменуванням, власні бланки, рахунки в органах Казначейства, поточні та вкладні (депозитні) рахунки в установах банків.