Повноваження керівника державної служби у Мінагрополітики здійснює державний секретар Мінагрополітики.
Державний секретар Мінагрополітики є вищою посадовою особою з числа державних службовців Мінагрополітики. Державний секретар підзвітний і підконтрольний Міністру.
Державний секретар Мінагрополітики призначається на посаду Кабінетом Міністрів України строком на п’ять років з правом повторного призначення.