Секретаріат Національної комісії очолює його керівник.
Керівник секретаріату Національної комісії призначається на посаду Головою Національної комісії на підставі рішення Національної комісії.
Відбір кандидатури на посаду керівника секретаріату Національної комісії здійснюється за результатами конкурсного відбору. Вимоги до кандидатів на посаду керівника секретаріату Національної комісії, порядок проведення конкурсного відбору затверджуються рішенням Національної комісії. Керівник секретаріату Національної комісії може бути звільнений з посади Головою Національної комісії у випадках, передбачених законодавством.
Керівник секретаріату Національної комісії підзвітний та підконтрольний Національній комісії.